Формирование основной массы известняков связано с отложением органических остатков. Это обуславливает наибольшую распространенность биогенных разностей среди всех генетических вариантов.
Биогенные известняки дифференцируют по нескольким критериям.
Один из них – царство формирующих отложения организмов. В соответствии с этим их разделяют на фитогенные, зоогенные и смешанные (фитозоогенные). Следует отметить, что отложения зоогенного материала формируют только известняки, в то время как фитогенные скопления могут образовывать также доломиты (Л.П. Гмид, 2006).
К подразделу этой систематики можно отнести классификации по видам организмов.
Еще один критерий в систематике биогенных известняков – характер органических отложений относительно жизненного цикла организмов. На основе этого такие породы подразделяют на скопления остатков и продукты жизнедеятельности.
Органические остатки представлены скоплениями раковин и скелетов (для зоогенных разностей), фрагментами водорослей (для фитогенных). В структуру породы они скрепляются путем цементации карбонатами.
Породы из остатков организмов дифференцируют по степени их сохранности и местонахождению относительно начального.
Структуры из целых скелетных фрагментов (например, раковин) называют биоморфными, из остроугольных обломков – органогенно-детритовыми, из окатанных обломков – органогенно-обломочными.
Органогенно-детритовый материал подразделяют по размеру элементов (Л.П. Гмид, 2006).
По месту образования породы относительно места отложения осадка такие известняки дифференцируют на автохтонные и аллохтонные. Первые образуются там же, где отлагаются органические остатки, и называются биогермными. Вторые – продукт сортировки и переотложения этого материала.
Сохранность обломков и место преобразования их в породу относительно начального в совокупности определяют обстановки формирования пород. Так, разности из целых органических остатков, остающихся на месте отложения, приурочены к гидродинамически спокойной лагунной фации. Разрушение, окатывание и переотложение осадка наблюдается в зоне мелководья, характеризующейся интенсивными течениями (Л.П. Гмид, 2006).
Известняки-продукты жизнедеятельности бывают представлены как в виде скоплений отдельных агрегатов, так и крупными образованиями.
Агрегаты в виде продуктов прижизненной деятельности организмов представлены в трех вариантах. Онколиты – округлые и овальные образования неясно-концентрической структуры, связанные с сине-зелеными водорослями. Копролиты – продукты жизнедеятельностей червей-илоедов различных форм. Строматолиты – слоистые отложения сине-зеленых водорослей, прикрепленные к субстрату и формирующие достаточно крупные тела.
Подобным образом формируются органогенные массивы мощностью до сотен м и протяженностью до сотен км – рифовые постройки, биостромные (пластообразные) и куполообразные тела. Их генезис также связан с нарастанием организмов на субстратах и цементацией их и их остатков химически осажденным кальцитом.
Как видно, систематика органогенных известняков весьма сложна, что отражает их многообразие. Каждый из критериев описывается различными классификациями. Существуют и комплексные системы, в которых стремились отразить все разнообразие данных пород с учетом ряда критериев. Это Схема структурной классификации известняков Г.И. Теодоровича (1950), описывающая известняки всех типов генезиса, система органогенных известняков Маслова (1966), учитывающая условия обитания и физиологические особенности организмов, структурные свойства пород, и т. д.